L'organizzazione della Scuola è ideata per fornire agli allievi una guida costante sia da parte degl'istruttori che da parte di altri allievi più avanti nel percorso, secondo una logica di Equipaggio.

L’Equipaggio rappresenta il gruppo di allievi e istruttori che, insieme, affrontano un percorso formativo (un imbarco) per il raggiungimento di una meta, cioè il passaggio di grado. Nell’ambito dell’equipaggio ogni allievo sarà responsabilizzato con un ruolo ben definito ed uno o più incarichi necessari per portare a termine il percorso di tutto il gruppo con profitto e successo.

Alla prima iscrizione, ogni allievo presterà il solenne giuramento al decalogo della Scuola, che rappresenta l'insieme delle regole fondamentali a cui tutti gli iscritti sono tenuti, e riceverà il "Distintivo della Scuola" e il "Distintivo di Promessa".

Un allievo privo di esperienza marinaresca sarà iscritto come "Mozzo" ed il suo percorso si articolerà nel tempo in modo da diventare "Giovanotto", "Giovanotto di 1^ Classe", "Marinaio", "Marinaio di 1^ Classe", "Nostromo", "Comandante".

E' prevista, inoltre, la figura di "Padrone", distintivo affidato agli armatori, ovvero proprietari di imbarcazioni a vela latina.

La "Menzione d'Onore" viene insignita a chi si distingue per particolari imprese od opere che meritano la riconoscenza da parte della Scuola.